En noviembre de 1999 la compañía inició sus vuelos internacionales con su primera ruta Lima-Miami-Lima, la que es atendida con una frecuencia diaria, en horario diurno. Los vuelos se efectúan en modernos aviones Boeing 767-300 de fuselaje ancho de doble pasillo con una cabina bastante espaciosa y cómoda.

En junio de 2001 se inician las operaciones diarias a Tacna, Chiclayo y Trujillo, ampliando la red de destinos domésticos. Asimismo, el 1° de noviembre de 2001, LanPeru inició vuelos a Puerto Maldonado, donde se encuentra la reserva ecológica de Pacaya-Samiria. Los vuelos se realizan desde Lima con escala en la ciudad imperial de Cuzco.

Actualmente, LanPeru cuenta con convenios interlineales con compañías de todo el mundo, de tal forma que dichas compañías pueden vender los vuelos de LanPeru como complemento de sus propios vuelos internacionales. De manera similar, LanPeru es parte del Programa de Viajero Frecuente LanPass de LanChile y miembro Oneworld afiliado a través de LanChile. Siendo la única aerolínea Peruana que opera con estándares de calidad de servicio equivalentes a los miembros de la alianza Oneworld.

Actualmente LanPeru opera 7 destinos nacionales como Cuzco, Arequipa, Juliaca, Puerto Maldonado, Lima, Trujillo, y Chiclayo. Lo que lo convierte en el principal transportador de pasajeros entre Lima y las ciudades del Cuzco y Arequipa, destinos que representan en conjunto más del 30% del tráfico de pasajeros a nivel nacional.

En las rutas internacionales, LanPeru vuela a cinco destinos, de los cuales
tres se encuentran en los Estados Unidos de Norteamérica (Los Angeles, Miami, New York). El cuarto destino es la ciudad de Santiago de Chile y el nuevo destino recientemente anunciado Buenos Aires - Argentina. Estas rutas son operadas diariamente y representan en conjunto más del 40% del trafico internacional de pasajeros desde y hacia Perú.